Não se sabe ao certo quais são as causas desta doença. No entanto são indicadas duas possíveis causas:
~ Genética - Pode existir uma possível explicação genética, no entanto não se pode garantir que esta seja a única causa.
~ Questões neurológicas – As dificuldades na linguagem, retardos mentais entre outros, levam a crer que, possivelmente as causas desta doença têm origem a partir do cérebro. É no cérebro que as ligações e os mensageiros químicos, chamados neurotransmissores, permitem aos neurónios, em varias partes do cérebro, trabalharem em conjunto, sendo que , normalmente estes problemas acontecem em partes do cérebro ligadas á comunicação, emoções e sentidos, facto esse, que vem apoiar que a causa do autismo está relacionado com o cérebro.

Estima-se que actualmente um em cada 150 recém-nascidos seja autista, ocorrendo uma maior incidência no sexo masculino, de 4 meninos para 1 menina.
Aspectos neurológicos
O comportamento autista tem sido relatado nas patologias clínicas do lobo temporal.
O lobo temporal é fulcral para o processamento de numerosos estímulos ambientais que ingressam no sistema nervoso por meio dos órgãos sensoriais visuais e auditivos.
O comportamento autista está associado a um padrão anormal de activação auditiva do córtex temporal esquerdo.
O cérebro é a sede da sensibilidade dos movimentos voluntários e das faculdades intelectuais e corresponde à zona mais volumosa do encéfalo. É constituído por duas metades, os hemisférios cerebrais.
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